W badaniach klinicznych z udziałem ponad 1800 pacjentów otrzymujących brynzolamid w monoterapii lub jako lek uzupełniający w połączeniu z tymololu maleinianem w dawce 5 mg/ml, najczęściej zgłaszanymi polekowymi działaniami niepożądanymi (5,8%) były: zaburzenia smaku (gorzki lub nietypowy smak, patrz opis niżej) i przemijające niewyraźne widzenie, utrzymujące się od kilku sekund do kilku minut po zakropleniu. Zakażenia i zarażenia pasożytnicze: (niezbyt często) zapalenie błony śluzowej nosa i gardła, zapalenie gardła, zapalenie zatok; (częstość nieznana) zapalenie błony śluzowej nosa. Zaburzenia krwi i układu chłonnego: (niezbyt często) zmniejszenie liczby krwinek czerwonych, zwiększone stężenie chlorków we krwi. Zaburzenia układu immunologicznego: (częstość nieznana) nadwrażliwość. Zaburzenia psychiczne: (niezbyt często) apatia, depresja, nastrój depresyjny, osłabienie popędu płciowego, koszmary senne, bezsenność, nerwowość. Zaburzenia układu nerwowego: (często) zaburzenia smaku, ból głowy; (niezbyt często) senność, zaburzenia ruchowe, niepamięć, osłabienie pamięci, zawroty głowy, parestezje; (częstość nieznana) drżenie, niedoczulica, brak odczuwania smaku. Zaburzenia oka: (często) zapalenie brzegów powiek, niewyraźne widzenie, podrażnienie oka, ból oka, suchość oka, wydzielina z oka, świąd oka, odczucie obecności ciała obcego w oczach, przekrwienie oka; (niezbyt często) nadżerka rogówki, zapalenie rogówki, punktowate zapalenie rogówki, uszkodzenie rogówki, złogi w oku, zabarwienie rogówki, zaburzenia nabłonka rogówki, zwiększenie ciśnienia śródgałkowego, zwiększona proporcja wielkości zagłębienia do wielkości tarczy nerwu wzrokowego, obrzęk rogówki, zapalenie spojówek, obrzęk oka, zapalenie gruczołów tarczkowych, podwójne widzenie, odczucie oślepienia, światłowstręt, fotopsja, zmniejszona ostrość wzroku, alergiczne zapalnie spojówek, skrzydlik, zabarwienie twardówki, osłabienie wzroku, odczucie dyskomfortu w oku, nietypowe odczucia w oku, suche zapalenie spojówki i rogówki, niedoczulica oka, torbiel podspojówkowa, przekrwienie spojówek, świąd powieki, powstawanie strupów na brzegach powiek, obrzęk powieki, nasilone łzawienie; (częstość nieznana) zaburzenia rogówki, zaburzenia widzenia, uczulenie w obrębie oka, utrata rzęs, zaburzenia w obrębie powiek, przekrwienie powieki. Zaburzenia ucha i błędnika: (niezbyt często) szumy uszne; (częstość nieznana) zawroty głowy pochodzenia błędnikowego. Zaburzenia serca: (niezbyt często) zapaść sercowo-oddechowa, dławica piersiowa, bradykardia, kołatanie serca, nieregularna czynność serca; (częstość nieznana) zaburzenia rytmu serca, tachykardia, nadciśnienie tętnicze, zwiększenie ciśnienia tętniczego, przyspieszona czynność serca. Zaburzenia układu oddechowego, klatki piersiowej i śródpiersia: (niezbyt często) duszność, nadreaktywność oskrzeli, kaszel, krwawienie z nosa, ból gardła i krtani, podrażnienie gardła, przekrwienie błony śluzowej nosa, przekrwienie błony śluzowej górnych dróg oddechowych, spływanie wydzieliny po tylnej ścianie gardła, wodnisty wyciek z nosa, kichanie, suchość w nosie; (częstość nieznana) astma. Zaburzenia żołądka i jelit: (często) suchość w jamie ustnej; (niezbyt często) zapalenie przełyku, biegunka, nudności, wymioty, niestrawność, ból w nadbrzuszu, odczucie dyskomfortu w jamie brzusznej, odczucie dyskomfortu w żołądku, wzdęcia, częste wypróżnienia, zaburzenia żołądkowo-jelitowe, niedoczulica jamy ustnej, mrowienie w jamie ustnej. Zaburzenia wątroby i dróg żółciowych: (częstość nieznana) nieprawidłowe wyniki badań czynności wątroby. Zaburzenia skóry i tkanki podskórnej: (niezbyt często) pokrzywka, wysypka, wysypka plamistogrudkowa, świąd uogólniony, łysienie, odczucie napięcia skóry; (częstość nieznana) zapalenie skóry, rumień. Zaburzenia mięśniowo-szkieletowe i tkanki łącznej: (niezbyt często) ból pleców, skurcze mięśni, ból mięśni; (częstość nieznana) ból stawów, ból kończyn. Zaburzenia nerek dróg moczowych: (niezbyt często) ból w nerce; (częstość nieznana) częstomocz. Zaburzenia układu rozrodczego i piersi: (niezbyt często) zaburzenia wzwodu. Zaburzenia ogólne i stany w miejscu podania: (niezbyt często) ból, odczucie dyskomfortu w klatce piersiowej, astenia, zmęczenie, nieprawidłowe samopoczucie, odczucie roztrzęsienia, rozdrażnienie; (częstość nieznana) ból w klatce piersiowej, obrzęki obwodowe, złe samopoczucie, pozostawanie resztek leku na skórze. W niewielkich, krótkotrwałych badaniach klinicznych działania niepożądane obserwowano u ok. 12,5% pacjentów pediatrycznych. Większość z tych działań stanowiły miejscowe, nieciężkie reakcje oczne, takie jak przekrwienie spojówek, podrażnienie oka, wydzielina z oka i nasilone łzawienie. Najczęściej zgłaszanymi ogólnoustrojowymi działaniami niepożądanymi związanymi ze stosowaniem brynzolamidu w trakcie badań klinicznych były zaburzenia smaku (gorzki lub nietypowy smak w jamie ustnej po podaniu kropli). Ich przyczyną jest prawdopodobnie przedostanie się kropli do oczu przez kanał nosowo-łzowy do nosogardzieli. Uciśnięcie kanału nosowo-łzowego lub delikatne zamknięcie powieki po zakropleniu może pomóc zmniejszyć częstość tego działania niepożądanego. Brynzolamid jest sulfonamidowym inhibitorem anhydrazy węglanowej, wchłanianym do krwi. Działania dotyczące żołądka i jelit, układu nerwowego, układu krwiotwórczego, nerek i metabolizmu są zazwyczaj związane ze stosowaniem inhibitorów anhydrazy węglanowej o działaniu ogólnym. Taki sam rodzaj działań niepożądanych może wystąpić po zastosowaniu miejscowym. Podczas stosowania brynzolamidu w leczeniu wspomagającym terapię trawoprostem nie notowano żadnych niespodziewanych działań niepożądanych. Obserwowane działania niepożądane były takie same, jak podczas stosowania każdej z substancji czynnych osobno.